Firedørs sedan, i salg fra høsten 2002. Erstattet tre- og femdørs kombikupé fra første generasjon.^{[1, 3, 17]}

Kom som årsmodell 2004. Bygget hos Magna Steyr i Graz i Østerrike fra 2003, senere i Trollhättan.^{[1, 8]}

Stasjonsvogn, lansert i 2005 som årsmodell 2006. Testet av Vi Bilägare mot Volvo V50 våren 2005.^{[1, 2, 4]}

SportCombi med hevet understell. Bensinutgaven hadde firehjulsdrift. Vist i Genève i 2009.^{[1, 12]}

Saab viste konseptbilen 9-3X på bilutstillingen i Detroit i januar 2002. Fronten forhåndsviste den nye 9-3.^[5] Sport Sedan kom i salg høsten 2002 med motorene 2.0t og 2.0T, utstyrsnivåene Linear, Arc og Vector, og fiberoptisk elektronikk for lyd og infotainment.^{[1, 3, 4]}

Cabriolet kom som årsmodell 2004, bygget av Magna Steyr i Graz.^{[1, 2, 8]} Samme år kom en enklere 1.8i med Opel-motor uten turbo.^[2]

Den gamle 2,2-liters dieselen ble erstattet av 1,9 TiD fra Fiat.^{[1, 2]}

SportCombi kom som årsmodell 2006, og Aero fikk turboladet 2,8-liters V6.^{[1, 2, 4]}

Nytt dashbord med nye instrumenter, nytt lydanlegg og nytt klimaanlegg. BioPower-motorer for E85 kom også til 9-3.^{[1, 2]}

Stor ansiktsløftning, presentert våren 2007, med front inspirert av konseptbilen Aero X og nytt panser.^{[1, 2, 11]} Turbo X med 280 hk og firehjulsdrift ble vist i Frankfurt i 2007, for å markere 30 år med Saab turbo.^{[1, 2, 10]} Firehjulsdriften XWD kom også som tilvalg på andre modeller.^{[1, 2]}

9-3X ble lansert. Vi Bilägare prøvekjørte 2,0-liters BioPower-utgaven i april 2009.^{[1, 12]}

Årsmodell 2012 fikk navnet Griffin og ble presentert 23. februar 2011, sammen med den orange cabrioleten Independence Edition.^{[2, 13]} Saab planla 366 eksemplarer av Independence Edition. Hvor mange som faktisk ble bygget, er usikkert.^{[1, 13]}